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NatureCommunications杂志期刊(IF=1

2020-08-01 03:49:08编辑:平心在线人气:


7月31日,Nature Communications杂志期刊(IF=12.121)发布了名为“Testing and controlling for horizontal pleiotropy with probabilistic Mendelian randomization in transcriptome-wide association studies”的全转录组相关性分析(TWAS)统计推断新方式,公共卫生学校生物统计系薛付忠专家教授精英团队骨干教师袁中尚副教授职称为该毕业论文的第一作者,密歇根大学生物统计系Xiang Zhou专家教授为通讯作者,山大为第一进行企业。

全转录组关系科学研究(TWAS)致力于融合全基因关系科学研究(GWASs)和表述总数特性基因座(eQTL)的关系結果,以求进一步表明繁杂病症本质分子结构基因遗传体制。TWAS虽具备优良的生物医学工程基本,但当今数据分析方式存有诸多缺点。该科学研究从孟德尔随机化(MR)的视角再次思考目前的TWAS统计分析方法,明确提出TWAS剖析能够当做两方面组学数据信息的融合难题,其剖析都能够统一到MR架构内,并在这个基础上明确提出了可以另外操纵SNP间LD关联及其水准多效性(Horizontal pleiotropy)的PMR-Egger方法。PMR-Egger考虑到了好几个有关工具变量,完成了在水准多效性存有的标准下,检测基因的表达(gene expression)对特性的因果关系效用。PMR-Egger借助协同似然理论框架,很多的统计分析仿真模拟确认了对比传统式的TWAS统计分析方法,PMR-Egger具备优良的应用统计学效率。另外,PMR-Egger还能够立即检测分子生物学中普遍存有的水准多效性。该科学研究还将PMR-Egger方法运用于包含美国微生物金融机构数据库查询(UK Biobank)以内的三个GWASs共39种病症和繁杂特性的TWAS剖析,确认其应用性。最终,该科学研究将PMR-Egger方法封裝成R包,供践行者运用。程序包连接为http://www.xzlab.org/software.html或https://github.com/yuanzhongshang/PMR

从2018刚开始,生物统计系薛付忠专家教授精英团队一直维持和密歇根大学Xiang Zhou专家教授研究组在统计分析细胞生物学基础理论方式层面的协作,依次探寻了年轻教师互相访问,硕士研究生联合培养等多种多样合作方式,该科研成果的发布将进一步促进彼此的协作再上新台阶。本科学研究第一作者袁中尚副教授职称是薛付忠精英团队核心成员,博导,第二批山东青年专家学者未来计划入选者,长期性从业组学与系统软件临床流行病学统计分析基础理论方式科学研究,成效依次发布在Nature Communications, Statistics in Medicine, Human Molecular Genetics, Genetics等杂志期刊。

该科学研究获得了英国NIH股票基金(R01HG009124, R01HL142023),NSF股票基金(DMS1712933),及其我国自然基金面上项目(81872712, 81673272),山东社会科学股票基金重特大基础研究新项目(ZR2019ZD02),山大青年人专家学者未来计划(2016WLJH23)等支助。


全文连接:Testing and controlling for horizontal pleiotropy with probabilistic Mendelian randomization in transcriptome-wide association studies



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